Bomen
In de Hortus staan ruim 50 bomen. Vrijwel al die bomen zijn bijzonder: ze zijn heel oud, zeldzaam of fraai gevormd. De 24 opvallendste exemplaren zijn opgenomen in de speciale bomenroute. Blikvangers zijn de dikke boomhazelaar (Corylus colurna) uit 1795, de groenblijvende Oostenrijkse eik (Quercus x turneri) en de ruim 150 jaar oude trompetboom (Catalpa bignonioides).
Zeker in het centrum van wereldstad Amsterdam is de aanwezigheid van zoveel grote bomen bijzonder. In de drukke, nauwe straten van de binnenstad komen bomen vaak in het gedrang. In de Hortus krijgen hun takken en wortels alle ruimte die ze nodig hebben. Veel vogels en insecten hebben de Hortus ontdekt als ideale leefomgeving: ze eten van de bomen en bouwen hier een nest of ander onderkomen.
De tuinmedewerkers zorgen volgens een speciaal verzorgingsprogramma dat de Hortus-bomen in goede conditie blijven.