De Amsterdamse Hortus en Zuid Afrika zijn onlosmakelijk met elkaar verbonden. Binnen 10 jaar na de oprichting als hortus medicus, groeide de tuin al uit naar een botanische tuin met de Zuid-Afrikaanse collectie als prominente eerste exoten
VOC-schepen brachten de eerste Zuid-Afrikaanse planten naar Amsterdam. Veel bekende sier- en snijbloemen uit Zuid-Afrika zijn zo naar Amsterdam gekomen, o.a. de (balkon)geranium (Pelargonium), Clivia, Afrikaanse lelie (Agapanthus) en Gerbera.
De Zuid-Afrikaanse collectie is nog steeds een belangrijk onderdeel van de Hortus Amsterdam. De planten prijken op de prachtige platen van de beroemde Moninckxatlassen, maar ze zijn vooral ook nog te zien op verschillende plaatsen in de tuin. In de Palmenkas staan eeuwenoude cycadeeën, en in de woestijnkas groeien verschillende succulenten uit de woestijngebieden van het Namaqualand. Heel speciaal is de uitgebreide collectie Lithops (levende steentjes) van de Hortus.